В феврале 2000 года в Рубцовске на основании Постановления администрации города №1719 от 04.05.2000 было создано новое муниципальное учреждение здравоохранения «Городской Центр по профилактике и борьбе со СПИДом и другими инфекционными заболеваниями». Причиной к его созданию послужила регистрация первых на территории города случаев ВИЧ-инфекции. Руководителем учреждения назначена главный эпидемиолог городского управления по здравоохранению Пономарева Валентина Андреевна, которая бессменно руководит учреждением. Первыми сотрудниками Центра стали специалисты-эпидемиологи, а само учреждение временно занимало несколько кабинетов на базе МУЗ «Диагностический центр». Первым подразделением было создано отделение профилактики, далее сформированы, административно-хозяйственное отделение, отделение эпидемиологии.

С момента размещения учреждения на постоянной основе на площадях бывшей детской поликлиники с ноября 2002 года проводилось формирование лечебного отделения и клинико-диагностической лаборатории. Уже в мае 2004 года Центр получает первую лицензию и сертификат на основные виды медицинской деятельности, в том числе на работу с микроорганизмами 3-4 групп патогенности.

С 2005 года на Центр возложены функции по облуживанию не только населения города, но и оказанию организационно-методической помощи 11 прилегающим к городу районам. Это было связано и с изменением статуса учреждения, с 10.11.2005 Постановлением администрации Алтайского края № 660 оно переведено в разряд краевого государственного учреждения здравоохранения.

С августа 2006 года Центр включился в работу в рамках реализации Национального проекта «Здоровье» по блоку диагностика и лечение ВИЧ/СПИДа, что потребовало дополнительных организационных, управленческих решений, а так же внедрение новых форм и методологий работы по приверженности к лечению пациентов, а также немедицинскому сервису.

За время работы Центра разработано и утверждено на уровне администрации города 3 территориальные целевые комплексные программы «Профилактика ВИЧ/СПИДа в г.Рубцовске», охватывающие период с 2004 по 2012 годы, 14 межведомственных соглашений и комплексных планов по профилактике ВИЧ-инфекции. Разработано и реализовано среди различных групп населения 5 профилактических программ по вопросам ВИЧ/СПИДа, вирусных гепатитов, ИППП.

Сформирована команда высококвалифицированных специалистов в области эпидемиологии, профилактики, диагностики и лечения ВИЧ-инфекции, СПИДа. Создана современная материально-техническая база, позволяющая оказывать широкий спектр специализированных медицинских, информационных, психологических, социальных услуг.